高通量测序（NGS）也称二代测序、深度测序、下一代测序、大规模平行测序等。主要有2家平台：Illumina公司（简称“ILMN”），ThermoFisher公司的Life Technologies的Ion Torrent。Illumina技术具有良好的稳定性和可靠性、重复性强、数据质量高、错误率低。其原理为测序技术可以生成高密度、海量平行测序反应，可对每个流动槽中成百上千万的模板进行单端或对读测序。全自动的illumina簇生成工作站在恒温条件下在流动槽表面扩增生产DNA簇，每个簇含有单个模板分子的500-1000克隆拷贝。用全自动基因分析仪在流动槽表面对生成的高密度序列模板进行测序。采用专有的荧光标记的可逆终止核苷酸，可对样本边合成边测序。对读测序时，完成首次读取后，DNA簇进行原位改良，在生成对读所用的模板。然后应用第二个测序引物对同一DNA簇测序，生成第二次数据。因而广泛应用于SNP和结构变异检测、从头测序组装、转录组测序、甲基化检测等。